胃肠道间质瘤伊马替尼耐药，分为原发性耐药和继发性耐药，耐药后的治疗方式也不尽相同。主要措施如下：
1、阿伐替尼治疗：晚期不可切除或者转移性的胃肠道间质瘤患者中，大约有5%-6%对伊马替尼，和其他的TKI药物出现原发性的耐药。原发性耐药是指接受药物治疗以后短时间内，一般6个月以内发生肿瘤的进展。伊马替尼原发性耐药，最主要是因为PDGFRα的D842V突变，目前阿伐替尼是这部分患者很好的治疗选择；
2、舒尼替尼、瑞戈非尼治疗：目前国内外指南均推荐伊马替尼，作为胃肠道间质瘤的一线治疗用药，但半数以上的患者在伊马替尼的治疗过程 中，2年后可能就会出现继发性耐药。继发性耐药即是用药以后，获得肿瘤的缓解或者稳定以后，随着治疗时间的延长再次出现肿瘤进展。这时应该遵从医嘱，按照治疗的原则进行手术，或者是二线以及二线以上靶向药物治疗，得到更好的预后延长患者的生命周期。目前伊马替尼耐药以后，二线治疗推荐的是采用舒尼替尼，三线治疗是采用瑞戈非尼治疗。但是在临床上其实这两种药疗效相对比较有限，而且由于不良反应的问题，很多时候需要根据患者的具体情况，进行药物剂量的调节，这种情况下可能有的患者，难以能够达到非常标准的治疗；
3、瑞派替尼治疗：根据2022年《CSCO胃肠间质瘤诊疗指南》推荐，伊马替尼耐药以后患者也可以接受瑞派替尼的治疗，其安全性和毒副作用可能相对更好。