男性如果出现明显的尿道疼痛，多数出现泌尿系统感染导致，主要常见的细菌，如大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌等，从尿道口进入尿道、膀胱、前列腺等部位，而出现局部细菌种植，导致泌尿系统黏膜出现损伤，而造成尿液经过时，出现尿频、尿急、尿痛，甚至有血尿、发热、寒战等全身炎症反应。
通常建议患者使用广谱类抗生素，包括头孢二代、三代以及喹诺酮类等药物进行治疗，多数患者通过正规的治疗一段时间后，症状可以得到明显的缓解，同时建议患者多饮水、多排尿、多运动，从而增加个人身体抵抗力，达到避免复发的目的。
细菌种植在尿道内，如果不使用足剂量、足疗程的药物进行，较难将其排出到体外，因此治疗过程当中，药物足剂量的使用，同时也需要患者养成良好的生活习惯，避免细菌再次种植在泌尿生殖道内，而引起相关症状的复发。
如果已经出现慢性泌尿系统感染的患者，建议及时到医院泌尿外科或肾内科做相关检测，明确到底是哪种细菌感染，从而进行对症治疗，以免延误病情。