白血病骨髓移植后复发是影响骨髓移植疗效的重要因素，严重影响病人的生存时间。白血病复发原因很复杂、很多，主要与骨髓移植时白血病细胞恶性程度有关。化疗后坏的细胞清除是否干净也是移植后复发的因素。骨髓移植后白血病复发治疗相当困难，所以移植后听从医生嘱托、按时服用药物、按时门诊复查，医生根据检查的结果调整药物的剂量、根据病人实际情况告诉下一步注意事项。预防复发最重要，密切监测可以发现早期复发的征象，早期减低抗排斥反应的药物，应用化疗药物以及供者淋巴细胞输注等都可以纠正早期复发。
一旦出现骨髓全面复发后，首先用化疗或者细胞免疫治疗达到缓解状态，有条件再做二次移植。如果骨髓移植后白血病复发，再次诱导缓解率，在急性淋巴细胞白血病只有50%左右，而急性髓性白血病可能还要低，进行第二次骨髓移植治疗的病人中，长期无病生存率在10%左右。