肾结核一般要通过尿的结核杆菌培养找到结核杆菌明确诊断，但是临床方面也有不少的病例可能培养找不到结核杆菌，可以通过影像学检查判断，如静脉肾盂造影以及CT、核磁、膀胱镜检查。
肾结核早期可能会破坏肾盂、肾盏，出现空洞、虫蚀样改变，都是肾结核很典型的表现。晚期的肾结核可能会出现肾自截，肾脏出现钙化，症状反而会减轻或者消失。所以肾结核的诊断先看临床症状，泌尿系统结核常见的临床症状是严重的尿频、尿急、血尿、尿液比较浑浊，尿常规检查白细胞增多以及尿液偏酸性。尿液涂片抗酸杆菌的检查可能能够找到抗酸杆菌， 通常也是结核。
如果通过尿培养找不到结核杆菌，也可以进行影像学检查，比如静脉肾盂造影，了解泌尿系统的影像学改变。还可以结合CT、核磁或膀胱镜检查，也可以帮助判断。因此肾结核的诊断首先要看临床症状，其次结合常规检查，比如尿培养、影像学检查，帮助确诊结核。一旦确诊，应该尽早治疗，有时即便没有明确找到结核杆菌，通过影像学检查提示有结核的可能，也要尽早进行抗结核治疗。