男性携带HPV跟女性一样，也是靠人的免疫功能进行清除。但是有些男性存在包皮过长的情况，可能残存时间会较长，藏污纳垢的机会变多。如果是免疫功能很好的男性，一年之内，一般有60%-70%的人可以靠自己的能力清除HPV，2年大概有90%的人都能够清除掉，只有一小部分的人会长期携带HPV。
如果是携带了HPV，并且又长出来尖锐湿疣，通常很难自行清除，必须得到皮肤科在医生的指导下进行电烧、冷冻，然后做抗病毒治疗。通常说明患者身体的免疫力较差，无法自行清除。
并且高危型的HPV，也会导致男性阴茎癌的发生。如果手卫生做得不好，进入了消化道。病毒侵入，也可能引起食道癌。所以如果夫妻之间有人得了HPV，另一方一定要到医院做检查，进行相应的治疗和处理。