灰指甲主要是指小孩有甲癣，而甲癣从本质上主要是真菌感染，所以当小孩出现甲癣时基本不太可能自愈。真菌感染即使用药也非常难根治，且特别容易复发。如果确认小孩有真菌感染引起的甲癣，要积极使用外用药或者全身治疗，帮助小孩及时纠正和缓解症状。
小孩甲癣可以先做局部处理，比如局部使用抗真菌药。像特别常用的特比萘芬、联苯苄唑等，这些软膏都有助于小孩局部甲癣的恢复。同时一定要注意用药规范，有条件的可以取些小孩的指甲碎屑做检查，确认具体的真菌类型后再选药相对更好些。
由于真菌感染往往特别顽固，所以 若小孩的甲癣特别不好治疗也可考虑全身用药。比如给小孩口服伊曲康唑、氟康唑、特比萘芬等，有助于小孩甲癣的恢复。但全身使用抗真菌药的副作用较大，所以一定要在医生的指导及监测下使用，以免对小孩造成副作用。
除此之外，也可以采取局部的处理方式。严重的小孩甚至可以考虑拔甲等，就需要具体根据小孩灰指甲的程度来确认。