移植两个囊胚的风险，实质上就是多胎妊娠。囊胚的种植率要比第三天卵裂期的胚胎的种植率要高得很多，所以移植两个囊胚出现双胎妊娠的风险，就要比单胎妊娠大。
目前现代医学的观点认为女性，尤其是人类，实际上是单胎动物，单胎动物一个子宫下去怀孕两个胚胎，而这样就会加重怀孕期间的负担，女性容易出现妊娠期高血压疾病、妊娠期糖尿病。
同时，两个胚胎在一个子宫内，也容易出现一些问题，比如先兆流产、先兆早产，包括胎膜早破、胎盘早剥等。因为宫腔内压力比较大，所以出现这些比较凶险的产科并发症的风险 ，要比单胎要大得多。
所以目前的现代医学建议怀单胎，双胎甚至是三胞胎实际上是妊娠的一个合并症，不利于妊娠期的母儿的安全，这就是怀两个囊胚的风险。怀两个囊胚，容易出现双胞胎甚至是三胞胎。三胞胎或者是双胞胎，对胎儿而言容易出现先兆早产、先兆流产的风险。
另外，两个胚胎挤在一块，尤其是有部分囊胚出现单卵双胎的现象，可能会出现胎儿输血综合征等胎儿发育不良的情况。会加重母体的负担，容易出现妊娠期高血压疾病、妊娠期糖尿病。所以，现在很多成熟的生殖中心，都建议选择单囊胚移植。