但是按照0、1、6的正规注射模式进行注射乙肝疫苗，也大约有5%-10%的人，不能产生表面抗体，主要是因为机体的内、外多种因素综合作用的结果，其中特异的免疫应答反应，起较为重要的作用。乙肝疫苗的成分主要是表面抗原，注射乙肝疫苗刺激机体产生表面抗体，因为表面抗体能中和乙肝病毒，从而起到保护作用。
而免疫失败常见于年龄较大、糖尿病，或者应用免疫抑制剂，HIV感染的等免疫功能低下人群。可以采用增加免疫注射次数的方法，刺激免疫反应，还可以通过增加剂量的方法，可以注射60μg的乙肝 疫苗，刺激抗体的产生。还有可以更换厂家或者品种，采用进口疫苗来注射，促使产生免疫应答。