胃镜检查后腹泻并不常见，胃镜要求进行充分注气，充盈胃腔，有便于进行检查。过多的气体在操作过程中可能很快进入小肠，在小肠充盈以后，因为在退镜时，会要求胃镜检查后抽取，尽量抽取胃腔内气体，但部分进入小肠的气体无法抽出，这部分气体可能会刺激肠道的蠕动增加，导致排便次数增加，表现为拉肚子的情况。
但这种情况并不常见，对于胃镜来说，更多的主要表现为咽喉部不适，以及操作后腹胀、疼痛等情况。除此以外，肠镜检查可能更多的会出现拉肚子的情况，主要是由于肠镜检查会事先口服清肠药物，药物在肠镜检查过程中可能并没有完全排出干净，因此，有一部分人在肠镜检查后 还会出现腹泻症状，通常持续1-2天左右。药物排空以后，基本会恢复正常，无需过度担心，胃肠镜的副反应较少，腹泻情况相对少见。