小分子肽并不是药品，所以不会涉及副作用。副作用一般都是指药品的副作用，主要是指药品除了发挥治疗的作用以外，还会对人体带来一些不利影响。而副作用是与用药的剂量相关，而小分子肽可认为是保健品，所以没有副作用的说法。
小分子肽是营养补充剂，但小分子肽不是药品。所以应用小分子肽时缺乏临床使用的数据、资料来证实小分子肽的具体效果，因此小分子肽只起到理论上的作用。
此外，若使用一段时间小分子肽之后出现明显不适，此时一定要及时停止继续使用小分子肽，必要时还要到医院接受规范诊疗。
因此，对于不了解的东西，不 要自作主张地使用。若患者需要使用小分子肽时，建议在主管医生指导下使用，或在医生指导下选用其他保健品。在医生指导下应用保健品会更安全，也更适合患者。