如果患有白塞病，可选择中药治疗。中医认为该病有湿、热、毒，所以应用清热、利湿、解毒药物可迅速改善患者溃疡表现。如果长期服用，大部分人都可控制，但有些病人口腔溃疡控制非常不好，反复发作，这时可选用西药治疗。西药常用沙利度胺，可使溃疡迅速缓解。但也需长期服药，一旦停药后溃疡可能反复发作。沙利度胺安全性非常好，很少出现肝肾损伤，但有人服用该药后会有周围神经损伤，一旦出现这种症状就要停药。除沙利度胺外，如果出现其他严重情况，可短期服用激素，或有重要脏器损伤，可能需用免疫抑制剂治疗。
白塞病是自身免疫性疾病，在临床中治疗非常困难。因为该病属于自身免疫性血管炎，特别容易侵犯全身血管，动、静脉都可受影响。最常见口腔溃疡、生殖器溃疡、眼炎三联征。临床上常见口腔溃疡，一般反复发作，且与其它溃疡相比呈深大溃疡，影响患者生活质量，进食困难。