光子祛斑和激光祛斑区别是所使用光源不一样，激光祛斑通常为单一波长的激光，所以波长单一，选择性也很好。其波长只针对皮肤中黑色素所特定吸收，所以对周边正常组织，通常没有损害，选择性好同时能量也比较集中。而光子祛斑所使用的光子，也叫强脉冲光，其并非激光而是连续波长的强光，能量比较高也是脉冲式。
但光子波长总的来讲不如激光单一，所以治疗时选择性和激光相比要差，可能主要是黑色素吸收，但其他组织可能也有少量吸收。所以光子除祛斑外，往往还可能有其他作用，比如对于皮肤中细小皱纹、胶原等都可能 产生一定治疗作用，但往往产生不良反应的几率相对要高。所以总的来讲，光子祛斑和激光祛斑相比选择性略差，产生副作用的风险稍高。