重症支原体肺炎有时会累及重要器官，比如引起心脏、肺、肾、神经系统等器官的功能衰竭，不一定会完全恢复到起病前的功能状态，可能会遗留慢性心功能不全、慢性呼吸功能衰竭、慢性肾功能不全等情况，中枢神经系统损害最为严重，因为病情重、进展快，甚至会危及生命。
少数患儿是以肺外并发症为首发症状来就诊，易造成误诊、漏诊，应该引起重视、及早就医。经过肺炎支原体感染过后，肺部有可能会继发支气管扩张、闭塞性支气管炎、细支气管炎等，但总体相对较轻，经过及早就医和医生合理治疗预后较好。如果发生闭塞性支气管炎，建议长期雾化，避免肺功能损伤， 有利于并发症恢复。