小三阳患者发现转氨酶升高时，需要排除引起转氨酶升高的其他原因，比如脂肪肝、药物性肝损伤等。排除其他引起转氨酶升高的原因之后，就有可能是由于病毒的复制所导致的转氨酶升高，这时就需要进行抗病毒的治疗。同时根据转氨酶升高的水平，决定是否需要保肝降酶的治疗。
目前一线的抗病毒治疗药物，主要是恩替卡韦、替诺福韦和丙酚替诺福韦。替诺福韦由于有一定的肾脏毒性和对钙磷代谢的影响，所以对于部分有肾脏基础病、骨质疏松的患者，或者是部分老年患者，建议可以选择恩替卡韦、丙酚替诺福韦。对于部分优选人群可以选择干扰素治疗，由于干扰素有较多副作用，所以 在进行干扰素治疗时，会进行相关的禁忌证筛查。筛查之后如果患者符合使用干扰素的指征，可以给患者采用干扰素的治疗。