高位复杂性肛瘘切除手术为达到理想疗效，预防复发，手术创面较深，较大，创面较多，手术难度较大。术后存在一般性肛瘘手术常见并发症如肛瘘出血、创面疼痛、局部感染、排便困难等肛门功能障碍。
此外，亦可导致肛瘘复发，创面假性愈合以及长期不愈合，肛门关闭不紧、漏气、漏液或肛门狭窄等，易导致不完全或完全性肛门失禁，肛门周围皮肤感觉障碍，术后肛门功能损害，自主排便丧失，易出现肛门收缩、关闭不全，暂时性急便感，肛门溢液、溢气、潮湿、瘙痒等症状或不能完全控制排便，以及创面愈合延迟或长期不愈合等。
高位复杂性肛瘘手术预后应注意清淡饮食，饮食卫生，避免辛辣刺激食物，养成良好排便习惯，保持大便通畅，注意肛门卫生，坚持便后坐浴，注意休息，保持肛门功能锻炼。同时出院后提高警惕，及时到医院复诊。