近视眼手术只做一侧眼睛，并不是一定有危害，只是可能潜在一定影响，因此还是需要具体情况具体分析，通过专业的医生进行评判。其常见影响有以下方面：
1、双眼生物学参数差异比较大：如果患者一只眼睛的角膜曲率正常，而另外一只眼睛角膜曲率不正常，这时通过做手术以后，将不正常的角膜曲率调整到正常区间范围内，使得双眼达到视力平衡的效果，但是患者眼睛的生物测量数值不同，可能正常一侧眼睛的角膜曲率是43D，而视力较差的眼睛，角膜曲率可能变成40D，这时患者双眼生物学参数会有比较大的差异，对患者远期做白内障手术或其它内眼手术会不会有差异，可能有潜在因素，现在通过公式计算，会尽量将再做其它手术的误差尽量缩小；
2、双眼成像效果有一定差异：患者一只眼睛做手术，一只眼睛没有做，术后的球面像差和成像效果会有轻微差异，视力虽然达到平衡，但是双眼视三级功能的建立，可能还需要 一段时间去塑造，这时可能需要一定的磨合期，需要患者去感受。