SPECT-CT的工作原理是对患者进行放射性核素的注射，然后它在体内会有一定分布。患者躺在检查床上，检查床上有核医学检查探头，有一定晶体排列，放射性核素衰变的过程中会放出一定射线，射线经过探头晶体被显像器所捕捉，然后在屏幕上出现显像剂在体内的分布情况，则做出了药物代谢的显像图，这是SPECT-CT显像的成像过程。
比如骨显像，注射显像剂之后，显像剂是亲骨性的显像剂，在骨骼组织中有一定分布状态，在其他脏器中，比如肾脏，药物从肾脏排泄，肾脏也会有一定显像剂摄取，除了两个器官外，其他组织器官里显像剂的分布会很少，进行显像的时候，显像剂不停的在发生衰变，放出射线，然后机器 可以捕捉到射线位置，成像出来的图像是全身骨骼放射性分布，即是骨骼图像。