肠镜检查是一种有创的侵入性操作，势必会对肠道黏膜存在一定损伤，有一定并发症的发生和风险。根据不同人群，不同基础疾病，其并发症的发生跟风险都不同。常见肠镜检查并发症如下：
1、肠黏膜损伤引起出血、肠道穿孔、肠系膜撕裂；
2、麻醉风险，如果采用无痛肠镜，即在麻醉状态下做检查，还存在麻醉风险，比如呼吸抑制，心脑血管疾病的发生，麻醉意外等风险。做无痛肠镜之前，必须进行综合评估，需要麻醉科会诊，评估患者能否进行麻醉。不同疾病发生并发症的几率也不同。
所以在术前做好充分的病情评估，完备术前准备，再加上有经验的操作医生进行操作，可以将这些并发症降到最低。