败血症和菌血症的区别是败血症病情严重程度重些，菌血症病情程度相对要轻。败血症的概念在过去用的较多，现在多数用脓毒血症代替败血症。脓毒血症一般在血里可以检测培养到细菌，还能检测到它出现器官功能的改变，比如肝肾功能的损害，出现全血细胞减少，甚至出现血压下降。
菌血症可以分为一过性的菌血症或血流感染的菌血症，它在血里培养细菌，没有发生器官功能的损害和感染性休克。它跟脓毒血症相比，脓毒血症或败血症病情更重些，菌血症病情程度相对要轻。但菌血症要找到病因，是什么原因发生的菌血症，要把源头找到才能进行有效治疗。