大肠埃希氏菌是泌尿系统感染的主要致病菌，在尿液中可分离出大肠埃希氏菌，通常会选用敏感抗生素进行治疗，常用抗生素为头孢三代抗菌素，常用药物有头孢曲松，头孢哌酮、头孢唑肟等。但大肠埃希氏菌会发生变异，部分会产生β-内酰胺酶，导致多种头孢菌素类药物耐药。
对于变异大肠埃希氏菌，可选择其他药物进行治疗，如碳青霉烯类药物，比如亚胺培南、美罗培南，还可选用氨基糖苷类药物，比如庆大霉素等，还有较新型的氨基糖苷类药物，如依替米星。若需使用头孢菌素类药物，还应同时加用β-内酰胺酶抑制剂，如棒酸、他唑巴坦以及舒巴坦。