3mm的肾结石如果没有形成梗阻等并发问题，一般建议密切随访观察。因为结石比较小，有自行排出的可能，可以平时多饮水、多活动，适当口服促进排石药物，比如尿石通、肾石通。
当结石往外移行的时候，移行到输尿管，就会造成患者出现肾绞痛症状，可以给予解痉止痛的治疗。首选止痛药物，按照3级镇痛的原则进行选择，1级镇痛药物为非甾体类的抗炎镇痛药物，如双氯芬酸钠。
2级为非吗啡类中枢镇痛药物，如曲马多。3级为吗啡类中枢镇痛药物，如杜冷丁(盐酸哌替啶)。
同时可以辅以解痉的药物，常用的包括山莨菪碱、 黄体酮、α受体阻滞剂，以及钙离子拮抗剂。这类药物可以舒张输尿管平滑肌、解痉止痛，同时促进结石排出。3mm的结石由于体积比较小，行体外冲击波碎石往往定位比较困难，一般也不主张行手术治疗。