鼓膜穿孔如上药长不住，可手术治疗。如耳朵不流脓两个月以上、鼓室无肉芽、无病变，CT检查乳突、蜂房等气化良好，无炎症，可直接用耳内镜做微创手术，取筋膜、耳屏软骨做鼓膜修补，效果较好，愈合率在90%以上。
如果是反复流脓性中耳炎，乳突腔有病变、肉芽、胆脂瘤，需做耳后切口，把乳突病变清理干净后再补耳膜。如果听骨有破坏，需把损坏听骨去掉，做人工听骨后再补鼓膜，一般手术有效率在80%-90%。只要去掉炎症，复发率即较低。如炎症未去掉，直接补鼓膜有时感冒再次穿孔、流脓会引起失败。较多中耳炎病人咽鼓管功能欠佳，需把咽鼓管功能恢复好，再做手术较好。