存在门静脉血栓的患者可以存活较长时间。门静脉血栓会引起门静脉的高压，门静脉高压较为严重的并发症是食管以及胃底的静脉曲张。若在进食较硬食物时将曲张的血管扎破，则会出现消化道大出血而导致失血性休克，从而可以引起死亡。一旦出现上消化道大出血，患者需及时前往消化科紧急进行救治。如果门静脉高压发生的时间过长，还会引起肝脏的病变。部分门静脉血栓的患者合并肝硬化，而肝硬化引起的肝功能异常严重时也可以危及生命。
但上述并发症的发生均属于由量变到质变的过程，如果发现门静脉血栓，进行及时的处理即可避免严重并发症的发生。