部分卵巢囊肿可以自行消失。生理性囊肿即黄体囊肿，在排卵后剩下卵泡膜细胞、颗粒细胞形成囊肿，可以为女性产生雌激素、孕激素，此类囊肿在月经前开始萎缩、消失。黄体囊肿寿命约为14天，月经前萎缩消失后，即可月经来潮。所以如果囊肿直径＜5cm，建议女性月经干净后复查彩超，如果囊肿消失说明属于生理性囊肿，即黄体囊肿，无需治疗。
其它卵巢囊肿一般不会消失，如临床常见浆液性囊肿、黏液性囊肿、子宫内膜样囊肿、巧克力囊肿不会消失，可以持续存在。如果持续生长建议手术治疗，卵巢囊肿早期需要根据检查结果，评估属于生理性囊肿还是病理性囊肿，同时明确良、恶性，指导患者进行治疗。