眼睛出眼屎的主要原因是眼表发生了炎症，最为常见的疾病，比如结膜炎 、角膜炎、睑板腺炎，或者睑缘炎，都是感染性的疾病，是由于细菌或者是病毒感染，引起眼睛分泌物增加，进而出现眼屎。
眼屎实际上是细菌或者病毒的残骸，以及泪液和脱落细胞，包括眼睛里的免疫细胞，比如淋巴细胞，或者是白细胞凝聚在一起，形成的分泌物。当结膜发生细菌感染或者病毒感染以后，眼睛充血、发红，大量的白细胞、淋巴细胞就会堆积在眼睛周围，和泪液掺杂形成眼屎。
角膜炎也会形成少量眼屎，但结膜炎的眼屎最多，还有眼睛其他的炎症，比如睑缘炎，也是细菌感染引起，会导致大 量的分泌物，以及眼睛充血和发红。此外，麦粒肿由于毛囊腺化脓引起局部出现脓包，脓包破溃的时候，会形成大量的分泌物，脓液堆积在眼睛里，形成眼屎。
治疗时应先把炎症消退，眼屎就会消失和减少。随着结膜炎的炎症好转，眼屎就会逐渐消失。