引起心脏瓣膜疾病的主要原因包括风湿性疾病、退行性疾病、感染、心脏缺血和自身免疫性疾病，以及先天发育畸形。
这些原因可能导致心脏瓣膜及其周围组织在解剖结构或功能上出现异常，从而引起单个或多个瓣膜的关闭不全或狭窄，这些变化会导致心脏血流动力学的改变，进而引发一系列临床综合征。
在我国风湿性瓣膜病仍然相对常见，此外由于人口老龄化的影响，老年退行性瓣膜病，尤其是钙化性主动脉瓣狭窄的发病率逐年增加，非风湿性二尖瓣瓣膜病，特别是缺血性二尖瓣反流，也随着冠心病的发病率增高而增加。
全身系统性疾病，例如系统性 红斑狼疮、类风湿关节炎和系统性硬化等自身免疫性疾病，也可能侵犯瓣膜导致瓣膜病的发生，瓣膜病主要表现为瓣膜狭窄或关闭不全等疾病。