口腔溃疡如果并非感染所致，不可使用红霉素软膏。红霉素软膏属于抗生素，在不存在细菌感染时不应选用。抗菌药物对于复发性口腔溃疡并非针对性用药，除非溃疡出现红、肿、热、疼以及溢脓等继发感染症状，有条件者可进行细菌培养，证明某种细菌感染且红霉素有效再选用。
临床通常不主张红霉素软膏随便使用于口腔，主要是因为红霉素软膏不属于口腔应用的剂型，通常在眼部或者皮肤应用。且大部分口腔溃疡并非细菌感染所致，最常见的是复发性口腔溃疡，且具有一定自限性，可选用促进溃疡愈 合的药物治疗，比如重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德口腔膏等。