胃肠间质瘤通常以胃间质瘤最为多见，胃间质瘤与胃癌的手术方式不同，胃癌要求达到胃全面清扫和胃容积达到2/3以上切除，而胃间质瘤要求完整切除。根据胃间质瘤的大小选择切除方式，如果间质瘤较小，局部切除即可，如果胃间质瘤比较大，要根据胃癌的切除模式，切除2/3的胃容积加上清扫。
根据肿瘤的大小、核分裂象、手术和病理情况，如高危或低危状态决定术后是否用药。如果病体直径小于2cm，处于低危状态，则术后不需要服用靶向药物，如果病体直径5-10cm，核分裂象大于每个高位镜下10个，处于中高危以上状态，则术后需要服用格列卫治疗。