深龋在去腐治疗过程中，病人能感觉到疼痛，一般需要给病人打麻药来缓解疼痛。深龋在临床治疗过程中，一般是在局麻下把龋坏的组织去干净，然后用氢氧化钙将牙髓保护起来，用暂封材料先临时充填，待病人没有临床症状以后，再进行充填。
充填的材料在临床上可以选择玻璃离子或树脂，随着技术进步，也可以用陶瓷对深龋进行充填。目前借助计算机技术，比如CAD/CAM(全瓷嵌体修复)技术，进行间接的龋病充填，效果非常好。由于陶瓷和树脂、玻璃离子相比，其价格比较昂贵，在临床上还没有推广开，但随着人们生活水平地提高，陶瓷可能会逐渐成为以后龋病充填的主流。