如果明确诊断是儿童抽动症，可以到儿童抽动症的专病门诊进行诊治，也可以到小儿神经内科、小儿行为发育专科、小儿精神科进行诊治。另外，在药物治疗的同时，还需要心理、行为的矫正，可能需要心理医生的治疗。
如果儿童只出现挤眉弄眼、耸肩等不自主的表现，没有确诊儿童抽动症，可以到小儿内科进行就诊，这时儿内科的医生会根据儿童的情况，和过敏性结膜炎、过敏性鼻炎等疾病，或者风湿类的小舞蹈病、大舞蹈病、亨廷顿病、肝豆状核变性等疾病进行鉴别。
建议检查血常规、过敏原、脑电图、肌电图，甚至头颅核磁等，进行鉴别诊断，当医生怀疑是抽动症时会转到小儿 神经内科，由专科医生进行评估和诊断。
如果明确诊断以后，建议在专科医生的指导下进行治疗。如果分科较细，到专病门诊治疗可能更专业。一般小儿神经科、行为发育障碍科、儿保门诊、小孩精神科、心理医生都可以治疗。