目前试管婴儿取卵的方法大部分或者99.999%，都是通过B超引导下穿刺取卵。在B超引导之下用较长的一根针经过阴道，然后经过后穹隆直接到达卵巢内部，在B超下看到卵泡，然后进行卵泡穿刺，将卵泡液、卵细胞吸出，接着再穿下个卵泡。总体损伤较小，一侧卵巢一般穿刺一次就可将整个卵巢里的卵泡吸干净，取出卵子，然后再换个方向穿刺另一侧卵巢。个别情况下卵巢位置不好或者卵巢过大，有时需要穿刺2-3次，有时甚至可能会穿透子宫肌壁才能到达卵巢。
个别病人在做穿刺时，即便是较细的针，也可能会损伤到膀胱、血管造成出血 ，但是这种发生率较低。此方法效果较好，损伤较小，会有疼痛。有些生殖中心能采取无痛取卵，有些生殖中心还做不到每个人都无痛，所以会有镇痛的方法。