在临床上胸腺肽和转移因子都是非常常用的，也都是提高免疫力常用的药物，到底哪个更好，实际上不能简单的回答。因为胸腺肽不是一个药物，而是一大类药物，本身又包括了狭义的胸腺肽、胸腺五肽和胸腺法新，这三个药物之间并不完全一样，所以无法简单的说胸腺肽和转移因子哪一个药物提高免疫力更好，只能说哪一个药物更适合患者，哪个药物相对更安全。
在临床上最常用的胸腺肽类药物是其中的胸腺法新，因为胸腺法新的生物活性与人体天然的胸腺肽α1完全一致，使用后基本没有发现过严重的毒副作用，所以它的临床应用安全性最高，使用之前也无需做皮试，而且胸腺法新全程参与了人体最重要的淋巴细胞，T淋巴细胞的生化、分化、成熟和调节，也就是在整个治疗过程中能够发挥作用，提高免疫力较好。其中主要来自于提高肿瘤患者以及慢性肝病患者的免疫力，这在临床上有大量的循证医学数据。
转移因子主要用于抗生素难以控制、感染的辅助治疗，如带状疱疹、流行性乙型脑炎、白色念珠菌感染等，它的抗病毒能力比较强，而胸腺法新调节免疫功能的能力比较强，可以说这两个药物并不是一类药物，疗效及面对的患者人群也不一样，所以没办法做简单的对比。
其他的胸腺肽类药物，比如胸腺五肽和狭义的胸腺肽，它们的副作用整体来讲与胸腺法新相比是比较多，结构也没有胸腺法新更贴合人体，所以在提高免疫力方面，胸腺肽内部对比的话，胸腺法新还是排第一位，也是临床应用最多最广泛的，而胸腺肽和胸腺五肽相对还是偏少一点。