十二指肠球部溃疡患者主要可以吃一些护胃的药，还可以配一些治疗溃疡的药物。十二指肠球部溃疡位置比较深，因此，可能多考虑口服药以及相应的液体药物来治疗，主要的口服护胃药有奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑以及泮托拉唑等，可以护胃、抑制胃酸的分泌，从而促使溃疡尽早愈合。
另外，还可以配合一些中成药物，如康复新液。康复新液可以口服吞下去，经过胃肠道使溃疡达到愈合。因此，可以将中成药与西药共同使用。还要注意有十二指肠球部溃疡的患者，建议流质饮食，避免辛辣食物，在溃疡症状得到一定改善以后，再进行正常饮食为最佳 。