咳嗽是反流性食管炎常见食管外症状，一般是由反流物刺激咽部引起，反流物误入气管时可能引起吸入性肺肺炎，甚至肺纤维化。临床反流性食管炎伴有咳嗽的患者需要进行规律药物治疗，并需要积极干预生活方式。
如果上述两方面均较好地完成，咳嗽的症状持续存在，则需要考虑到是否存在非反流因素。建议到专科检查，排除咽喉部或肺部疾病。对于反流性食管炎伴有长期咳嗽、哮喘、喉炎患者，经过长期药物治疗如果不缓解，可以考虑外科手术干预进行治疗。
研究表明反流可能是20%-40%慢性非特异性咳嗽患者的主要病因。尽管反流已经确定和咳嗽存在相关性，但是 如果患者出现咳嗽、哮喘、咽炎等症状仍然需要排除其它非反流因素是否存在。