口腔颌面部囊肿的鉴别诊断，首先要先分清楚是软组织来源还是硬组织来源。如果是软组织来源的囊肿，皮脂腺囊肿往往是发生在和皮肤比较贴近的皮下组织中，范围可大可小，但有一个比较明显的特点是在囊肿表面可以看到黑点，也就是毛囊。如果能够发现此特点，基本上可以明确皮脂腺囊肿。如果病变发生在口腔里，比如口底或者舌、颏部、颈上部的软组织，质地如果比较韧，或者比较有弹性，穿刺检查时会发现豆渣样表现，这些内容物往往提示皮样囊肿或表皮样囊肿。
但是如果病变发生在颈前部正中 ，有可能会随着吞咽上下活动，为甲状舌管囊肿。还有颌下腺囊肿、腮腺囊肿，这种位置有时会比较深，一般患者不容易及时发现，需要通过影像学检查加以明确。舌下腺囊肿往往是在口底的侧方，而且囊肿形成以后有一种半透明样的表现，如果做穿刺，会出现鸡蛋清样的液体，这种穿刺液很容易为临床医生做鉴别诊断。所以软组织囊肿的鉴别诊断比较多。
对于硬组织来源的囊肿，除临床体格检查可以看到病变，感受到膨隆或乒乓球样的感觉以外，X线检查也非常重要，比如X光全景片、CT，可以看到像白线样的边界，这种往往是囊肿表现。如果做核磁共振发现病变里都是液体，需要专科医生通过相应的影像学检查进行鉴别。