电子阴道镜检查过程疼痛较轻，但是有不适感，类似于做妇检的感觉。电子阴道镜在宫颈防癌三阶梯过程中，处于承上启下地位。宫颈防癌筛查是三阶梯，第一阶梯是TCT和HPV检测，在宫颈上用柔软刷子，刷取脱落细胞去检查。如果检查没有问题，以后定期复查即可。
如果检查有问题，可能会进入第二阶梯，就是阴道镜检查。阴道镜有光学阴道镜、电子阴道镜，成像原理不一样，清晰度不一样，但是检查过程类似。
在阴道镜检查时，首先会用扩阴器轻轻打开阴道，其次可以看见宫颈，有时会在宫颈上、阴道壁涂显色剂。同时放大图像，可能在有异常图样部位取一小块组织，取组织过程有人会觉得不舒服，但是大部分不会有尖锐疼痛。
因为宫颈部位与其他部位神经分布不一样，所以没有明显痛感，但是大部分人会觉得胀。病理阶段是第三阶梯检查。