隐球菌脑炎又称为隐球菌性脑膜脑炎，是颅内感染中常见的真菌感染。影响隐球菌性脑膜脑炎预后的因素，常见有以下几种：
1、免疫力低下：患者是否合并艾滋病，以及其他免疫缺陷病，或者长期应用免疫抑制剂，导致抵抗力低下。即使此次隐球菌性脑膜脑炎得到控制，但仍容易再次感染、复发或出现其他并发症，预后普遍偏差；
2、药物耐受性：隐球菌性脑膜脑炎的治疗药物主要是两性霉素B和氟胞嘧啶，次选药物是氟康唑及伏立康唑，上述药物的毒副作用均偏大，尤其是两性霉素B和氟胞嘧啶，部分患者不能够耐受药物的毒副作用，而出现肾功能衰竭以及严重的电解质紊乱 、呕吐、营养不良等。如果不能耐受药物的毒副作用，药物不能达到有效的血药浓度，预后便会较差。如果能够耐受药物的毒副作用，患者能够坚持用药，预后便会相对较好，甚至可能会治愈；
3、是否为复发性隐球菌感染：如果一次性隐球菌感染彻底治好后不再复发，通常不会有大问题。部分患者反复感染或者感染没有彻底治好，而隐球菌只是处在潜伏状态，一旦激活，效果会明显降低，预后便会相对较差。