感染了弓形虫，引起了临床症状以及各种表现，这种情况下不会自愈，一般需要应用药物治疗。除非患者感染了弓形虫，只是隐性感染者，或者查到了弓形虫，但患者没有任何临床症状，没有造成局部感染，这种情况下可以不应用抗弓形虫的药物治疗，有可能是通过自身的免疫力清除弓形虫。但如果患者已经有了临床症状，造成了弓形虫病，这种情况就需要治疗。
通常弓形虫可以感染孕妇，可以引起新生儿先天性的弓形虫感染。另外免疫功能低下的人群，比如有各种血液系统疾病、恶性肿瘤或者艾滋病毒的感染，艾滋病已经发病，免疫功能出现严重的低下，这时会感染弓形虫。弓形虫引起的感染可见于肺炎、心肌炎，以及脑膜炎等。
感染了弓形虫之后，一般选用乙胺嘧啶联合磺胺嘧啶进行治疗。通常急性的弓形虫感染疗程都比较长，一般至少也要在1个月，不同的患者，治疗疗程有所区别。如果是免疫功能低下的人群，通常疗程会比较长。如果是艾滋病患者感染了弓形虫，艾滋病患者需要小剂量、长期服用抗弓形虫的药物。