肝门部胆管癌与所有肿瘤类似，晚期痛苦，但肝门部胆管癌有相应特征。肝门部胆管癌通常会堵塞肝门部，胆汁流出道受阻，患者会出现严重的黄疸。且肝门部胆管癌肿瘤会顺着胆管向上长，减黄困难，可能需肝脏穿刺引流解除黄疸。患者通常需戴各种减黄引流管，属于比较痛苦的事情，如果不能得到及时减黄，患者可能出现肝功能衰竭。
另外，除局部因素外，肝门部胆管癌晚期也可出现远处转移，比如肝脏、肺、腹腔等转移。肿瘤进一步增大、增多，会导致患者处于消耗状态，出现营养不良、恶性腹水、剧烈腹痛、消化道功能 紊乱、食欲不振、恶液质等表现。疼痛在肝门胆管癌晚期非常常见，可能为肿瘤压迫神经导致，也可能肿块出现破溃感染导致。每个患者对疼痛承受力虽然不同，但一定会出现不同程度疼痛，随着癌肿进展疼痛会逐渐加重，需要进行相应镇痛治疗。