妥布霉素属于氨基糖苷类抗生素，使用氨基糖苷类抗生素的主要顾虑是其具有肾毒性和耳毒性，妥布霉素不建议长期应用。肾毒性主要是引起血尿、蛋白尿，血肌酐升高等肾功能损害。耳毒性主要是引起高频听力及前庭功能损害，分别表现为耳聋及眩晕。抗菌药物长期使用可能会引起二重感染，诱发细菌耐药。
妥布霉素临床常用剂型为滴眼液，适用于敏感细菌所致的外眼及附属器的局部感染。妥布霉素尽量不要长期使用，长期应用可能导致耐药菌过度生长，甚至可引起真菌感染。妥布霉素滴眼液一般先使用一周观察使用效果，如果疗效不明显，应及时去医院复诊。眼药水打开以后，尽量在一 个月内用完，用不完就应该丢弃，因为眼药水对无菌的要求较高，开盖多次使用后，药液被细菌污染的可能性增大。