慢性直肠炎较难根治，一般主要针对其症状进行治疗，且尽可能减少穿孔、出血、癌变等并发症。直肠炎和结肠炎常与免疫系统疾病相关，一般单纯的局部感染不会造成上述改变，这时需控制刺激性食物的摄入，尤其是辣椒、酒精，以及过冷、过热的食物，可能刺激肠道，引起直肠炎发作。
出现直肠炎时，需遵从医嘱规律服药，如出现腹痛、便血等症状，需积极前往医院检查。部分患者因肠炎产生穿孔或出血，必要时需进行手术切除，这时医生会格外小心，因为在切除肠管后，吻合口易形成吻合口瘘，术后并发症较多。因此肠炎患者进行手术切除时，需严格把握手术适应症，以减少意外出现。