乳腺囊肿本身是良性疾病。乳腺囊肿是位于正常腺叶或导管之间的类圆形结构。此种结构有一层囊壁，非常薄，内部是一层液体，囊壁会不停分泌。因此囊肿会越来越大，最后甚至部分病人的囊肿会突出于腺体表面。因此在判断乳腺囊肿时，需要结合影像学检查，如果超声提示囊肿仅为1类或2类时，可以不进行任何处理。而如果是生长得较大的囊肿，尽管是2类时，可以考虑进行手术，不然在囊肿凸起到乳腺表面时，可能会影响到美观。
乳腺囊肿已经发生其它病变，如囊壁发生增厚，或囊内已经生长出其它实性结节。此时，患者需要进行手术活检，因为长期囊壁增厚可能会导致其它病变， 甚至可能会导致恶性肿瘤的发生。如果超声提示是4类甚至5类的囊实性病变，需要非常重视以及早期进行手术，排除癌症发生。