ERCP取胆总管结石后遗症包括取石过程中出现出血、十二指肠乳头受损、十二指肠穿孔、胆源性胰腺炎。ERCP取石之后长期并发症包括oddi括约肌功能异常，或复发性胆管结石。ERCP是目前消化内科用于治疗胆总管结石的重要手段，对于反复出现的胆总管结石，老年患者或外科手术之后出现胆管结石，是一种重要的治疗方法。
大多数胆管结石，可以顺利经由胆总管下段取出，如果在取石过程当中，胆总管结石过大或胆总管下段切开而引起出血，可能会出现取石之后消化道出血、胆管炎、胰腺炎。反复多次取胆总管结石，可能会破坏胆总管下段oddi 括约肌功能，出现胆汁反流，引起反复胆管炎、胆管结石，甚至有增加胆管癌的风险。