上颌骨囊肿手术的后遗症具体如下：
1、上颌骨囊肿是发生在面的中部，做手术时要考虑到其外形问题，所以一般会在口内做切口，脸上不留瘢痕，做刮治以后多数面部看不出来，但是会有肿胀问题，特别在术后1周之内，面部会有肿胀；
2、部分患者会引起神经问题，因为有些感觉神经，比如眶下神经从上颌骨里穿行，控制的是上嘴唇感觉。如果手术中刮治到神经，会引起上唇麻木，如果神经没有断掉会逐渐恢复，如果神经断掉，会引起永久性的上唇麻木；
3、如果是颌骨囊肿大，需要做骨重建，还有其它相应的后遗症，比如做完 以后颌骨的咬合关系，牙齿咬不到一起，但是其发生的几率较小。