目前主要是部分遗传性的基因疾病，包括单基因遗传疾病，以及染色体异常等，可通过第三代试管婴儿来做筛选。染色体是指父亲，或母亲在出现平衡易位，或罗伯逊易位的情况下，可通过做第三代试管婴儿，找到没有问题的胚胎做移植，可预防女性出现反复移植失败，或出现胚胎停育的情况。
另外，部分遗传性疾病包括单基因遗传疾病，理论上如果能够找到基因探针，便可以做到预防，比较典型的是地中海贫血，做到探针后通过筛查，找到没有制病基因的胚胎移植，便可以生出健康的宝宝。
需要注意第三代试管婴儿目前发展到现在，并不是所有的病 人都适合做，如部分遗传疾病是多基因遗传疾病，可能还没有办法完全找到其基因探针，第三代试管婴儿便没有办法将其筛查出来。
对于为了筛查染色体异常胚胎，出现反复的种植失败，包括高龄女性，或反复胚胎停育的情况下，可能需要通过筛选胚胎，找到染色体上没有问题的胚胎来做移植，以排除是由于胚胎原因造成的反复种植失败，或反复妊娠丢失、胎停的情况，或通过前期去筛查，因此第三代试管婴儿并不是万能。