通常房扑机制较为简单而房颤较为复杂，因房扑主要与心脏某处病变有关，而房颤主要与心脏多处病变有关。从临床诊断而言，心电图检查中可区分房颤、房扑，因心电图存在一定区别，但对人体危害相似即引起心衰与卒中风险，临床重视程度相同。实际房颤与房扑易并存，部分患者某个阶段会表现为房扑，某个阶段会表现为房颤。
部分患者临床以房扑为主，但房扑可能发展为房颤，可能患者进行心电图检查显示为房扑，但进行房扑手术后一段时间发现存在房颤，即房颤与房扑关系较为 密切。对于年龄较大患者进行房颤手术时，可能平时心电图检查无房扑，但也会进行房扑手术，相对于房颤而言房扑射频手术相对较简单。