鳞状上皮病变通常是由于多种因素引发，包括病毒感染因素、不洁性生活、性生活紊乱、内分泌功能异常等，下面以宫颈鳞状上皮病变为例：
1、病毒感染：和宫颈鳞状上皮病变有关的病毒感染主要是人乳头状瘤病毒，也就是HPV的感染。HPV的类型有很多，其中高危的HPV16、HPV18的感染，导致鳞状上皮病变发生的几率会更高，也可能直接导致宫颈癌的发病率明显增加；
2、不洁的性生活：由于过去社会经济状况的低下，女性在性生活中常常不注意卫生，可能会遭受各种病毒、细菌等感染，增加宫颈发生慢性炎症的机会，从而引起宫颈上皮的病变；
3、性生活紊乱：如果女性有两个以上的性伴侣，可能会增加鳞状上皮病变的发生几率。另外，在18岁以前有性生活的女性，鳞状上皮病变发生几率也会更高；
4、内分泌功能紊乱：有研究认为，长期口服避孕药影响激素造成激素紊乱，会增加鳞状上皮病变的发生。