大便常规可以用于消化道系统疾病的检验，一般包括大便颜色、性状、细胞，例如白细胞、红细胞、巨噬细胞、寄生虫、粪便潜血等。粪便潜血试验是消化道恶性肿瘤的过筛试验，大便标本一般采集手指头大小的新鲜粪便，尽可能挑取有黏液、脓血等异常成分的粪便，放入清洁、干燥、没有吸水性的有盖容器中，尽快送检。
外观无异常的大便应该在粪便内外多点取样，黏液便常提示肠道炎症，鲜血便提示下消化道出血，柏油样便提示上消化道出血，脓血便常见于细菌性痢疾、阿米巴痢疾、结直肠癌等。大便镜检中白细胞增多提示肠道炎症的发生，如果发现巨噬细胞常提示是细菌性痢疾 。大便潜血阳性提示消化道存在出血，连续检测阳性要特别警惕是否存在消化道恶性肿瘤的情况。