B超可以检查出肛周脓肿，肛周脓肿最简单的鉴别是可以通过临床症状加以鉴别，如果是比较浅表的脓肿，肛周会出现肿痛，皮肤皮温也会增高，甚至会出现溃破，触痛非常剧烈。
如果是比较深的高位脓肿，病人会出现严重疼痛，但表面并没有红、肿、热、痛表现，触痛也不明显，但会伴有比较严重的发热。如果出现这种情况，建议通过彩超或CT进行辅助检查，以鉴别是否是真正的肛周脓肿。如果通过辅助检查彩超、CT甚至包括核磁共振确诊为肛周脓肿，此后则需要根据脓肿的大小决定是否进行手术干预。通常如果脓肿大于2cm，一般需要进行手术，否则很难治愈，即便使用药 物控制，之后复发的几率也会非常高。