肺脓肿是指肺内发生感染后形成的局限性脓肿，从病因学和症状学两个角度，治疗首先需要抗感染，抗感染需明确可能感染的病原菌，可以气管镜检取痰标本，进行细菌培养和分型，应用合理抗菌药物，可以单药应用，也可以联合其它药物。如怀疑存在真菌感染形成脓肿，需要使用抗真菌药。还要对症处理进行引流，对于大的肺脓肿可以进行胸壁穿刺引流，将脓肿排出形成空洞，通过药物治疗、感染吸收、空洞闭合，是肺脓肿较好的治疗方法。
还可以应用外科手术方法，进行肺脓肿切除；慢性肺脓肿药物治疗效果较差、无法吸收，可以通过胸外科微创手术进行肺脓肿及所在周围肺组织切除 ，达到治疗肺脓肿的目的。